Odamız 1954 yılında Sanayi Bakanlığının özel izniyle, Aydın, Muğla, Manisa, Denizli ve Balikesir illerini kapsayarak kurulan "Ege Bölgesi Sanayi Odası" (EBSO) nın bir şubesi olarak kurulmuştur.

Odamız kayıtları arasında 1954 öncesi dönemine ait hiç bir yazılı belge bulunmamaktadır.

Bölge imalat sanayisindeki gelişmeler sonucunda Balikesir 1981 yılında kendi sanayi odasını kurmuştur. Kurulduğu 1981 yılında 11 meslek gurubunda 350 civarında üyesi bulunan Balıkesir Sanayi Odası bugün 19 ilçede 17 meslek gurubunda ki 868 üyesine hizmet vermektedir.

Odamızın üst karar organı meclistir. Odamızdaki 17 farklı Meslek gurubunun her birinden 2  üyenin 4 yıllık bir dönem için seçilmesiyle 34 üyeden oluşmaktadır. Meclis, Odanın denetim ve karar organıdır. Meclis Başkanı ile temsil edilmektedir. Ayrıca başkanlık divanında bir başkan vekili ile bir katip üyesi bulunmaktadır.

Odanın yürütme organı Yönetim Kurulu´dur. Bu kurulda, 4 yıllığına Meclis üyeleri arasından seçilmiş 1 Başkan ve 8 üye bulunmaktadır. Yönetim kurulumuzda 2 başkan yardımcısı ile 1 sayman üye bulunmaktadır.

Hem Meclis, hem de Yönetim Kurulu, Odanın verimli hizmet verebilmesini sağlamak için geçici veya sürekli, ihtisas komiteleri veya çalışma grupları olarak komisyonlar kurmaktadır.

Odamız organlarınca üyelere sunulan hizmetler merkezde ve Ayvalık irtibat büromuzda bulunan personel tarafından yerine getirilmektedir.

Odamız, diğer meslek odaları, birlikleri ve dernekleriyle yakin ilişki içindedir. Odamız Türkiye Odalar ve Borsalar Birliğinin seçimlerine katılır ve Birlik tarafından yürütülen faaliyet ve hizmetler için işbirliğinde bulunur.